La curiosidad por el hombre que se autodenomina mesías convierte a Waco en el centro de un circo mediático. Los equipos de negociación y rescate del FBI discuten sobre el uso o no de la fuerza. El equipo negociador establece contacto con Koresh dentro del recinto.
La comunicación durante los 51 días siguientes incluyó intercambios telefónicos con varios negociadores del FBI. El propio Koresh había resultado gravemente herido por un disparo. A medida que el enfrentamiento continuaba, él y sus colaboradores más cercanos negociaban retrasos para poder redactar los documentos religiosos que, según él, necesitaba completar antes de su rendición. Las conversaciones de Koresh con los negociadores eran tensas y también incluían temas bíblicos. Los negociadores del FBI trataron la situación como una crisis de rehenes.

El mundo espera mientras Koresh hace una nueva promesa de rendición pero la controvertida actuación del FBI convierte el recinto en una escena apocalíptica. La fiscal general de Estados Unidos Janet Reno aprobó las recomendaciones de los funcionarios del FBI para proceder a un avance final en el que los miembros de la Rama Davidiana serían expulsados del Centro Monte Carmelo por la fuerza.
El FBI recurrió a bombear gas lacrimógeno en el recinto con la ayuda de un vehículo de combate M728 que estaba equipado con un ariete. En el transcurso del avance, el Centro Monte Carmelo se incendió en circunstancias que siguen siendo discutidas. Atrincherados en el edificio, 79 miembros de la Rama Davidiana perecieron en el incendio; 21 de estas víctimas eran niños menores de 16 años. Koresh, que entonces tenía 33 años, murió de un disparo en la cabeza durante el incendio. Se desconoce si se suicidó o si fue asesinado.

La serie sigue la tragedia ocurrida cuando unos terroristas atacaron en la maratón anual de Boston el 15 de abril de 2013. Llevaron a cabo el atentado colocando dos bombas caseras de olla a presión que detonaron cerca de la línea de meta de la carrera con 14 segundos y 190 m de diferencia. El resultado fueron tres víctimas mortales y cientos de heridos, entre ellos 17 que perdieron alguna extremidad. Con la ayuda de imágenes de archivo, entrevistas con investigadores, testigos, supervivientes y recreaciones ocasionales, ofrece detalles sobre la investigación del FBI de lo que rápidamente se consideró un atentado terrorista doméstico.
En el primer episodio, horas después de las explosiones, los investigadores examinan minuciosamente las pruebas. Una foto y unos segundos de grabación conducen a un gran avance y a una decisión angustiosa.

Las imágenes de los hermanos Tamerlan y Dzhokhar Tsarnaev se hacen públicas y desencadenan una violenta cadena de acontecimientos. Mientras tanto, las pistas de su pasado cuentan una historia complicada: cómo fue la radicalización de los hermanos, de etnia chechena, y la existencia de posibles colaboradores. Los prejuicios posteriores al 11-S influyeron en la investigación.

Tras su identificación, los hermanos Tsarnaev mataron a un policía del MIT y luego secuestraron a un hombre en su coche. Tuvieron un tiroteo con la policía en la cercana Watertown, durante el cual dos agentes resultaron gravemente heridos (uno de ellos, Dennis Simmonds, murió un año después). Tamerlan recibió varios disparos, y su hermano Dzhokhar le atropelló mientras escapaba en el coche robado. Tamerlan murió poco después.
Se inició una persecución sin precedentes de Dzhokhar, con miles de agentes de las fuerzas del orden registrando una zona de 20 manzanas de Watertown, donde se pidió a los residentes y a los vecinos que permanecieran en sus casas, y se cerraron el sistema de transporte y la mayoría de los comercios y lugares públicos. Después de que un residente de Watertown descubriera a Dzhokhar escondido en un bote en su patio trasero, Dzhokhar Tsarnaev se ve acorralado en un intenso enfrentamiento. Mientras los funcionarios sortean los interrogantes y las sospechas restantes, la ciudad resurge con el eslogan Boston Strong.