El científico y militante ateo Richard Dawkins visita Inglaterra, Norteamérica e Israel entrevistando a gente prominente de la fe islámica, judía y de las nuevas sectas Cristianas para expresar su punto de vista de que el fanatismo ha degradado la civilización y continuará degradándola. "El Espejismo de Dios" explora cómo las creencias son tratadas como hechos por muchas religiones y los extremos a los que algunos seguidores han llegado por ello. Dawkins argumenta que el proceso no-lógico llamado fe no es una manera de comprender el mundo, sino que se basa en una oposición a la ciencia moderna y al método científico, y que divide y es peligroso.

En el Segundo episodio de la serie, Morgan Freeman investiga las profecías sobre los cataclismos y el apocalipsis, en un intento de determinar como terminará el mundo.

Dawkins opina que el marco moral de las religiones está deformado, y argumenta en contra del adoctrinamiento religioso de los niños. Discute específicamente la idea de religión vista como un virus en el sentido de un meme. Comienza por explicar cómo un niño está genéticamente programado para creer sin cuestionar la palabra de figuras de autoridad, especialmente los padres – el imperativo de la evolución es que ningún niño sobreviviría al adoptar una actitud escéptica hacia todo lo que dicen sus mayores. Pero este mismo imperativo, afirma, deja vulnerables a los niños a la "infección" por la religión

En el tercer episodio de la serie, Morgan Freeman examina el concepto de Dios de las diferentes confesiones. Descubre que el monoteísmo empezó en Egipto e Israel y permite a un neurocientífico que examine su propio cerebro.