El humorista político y autor Bill Maher viaja alrededor del globo entrevistando a gente sobre Dios y la religión. Conocido por su fino análisis e impertubabilidad, Maher nos lleva con su característica honestidad hacia un insólito viaje espiritual.
Musulmanes, judíos y cristianos de muchas clases pararán por su análisis. Maher irá a un museo creacionista de Kentucky que muestra que los dinosaurios convivieron con la gente hace 5.000 años. Hablará con un rabino que disputa con negacionistas del Holocausto, con un músico musulmán que predica el odio contra Israel y encontrará a los creyentes más improbables. Y, en cierto sacerdote del Vaticano, encontrará a un inesperado escéptico.

Un relato sobre los casos de abuso sexual por parte de algunos sacerdotes de la Iglesia Católica. Desde las primeras víctimas que decidieron alzar la voz en los 60 hasta los recientes casos a nivel mundial, Mea máxima culpa cuestiona el silencio del Vaticano al respecto. Se centra en uno de los casos principales: el abuso a los niños de la escuela para sordos de St. John por parte del padre Lawrence Murphy, mientras que toca otros a nivel mundial, como el del Padre Marcial Maciel." Alex Gibney se apega a los hechos sin ser seducido por especulaciones. Su intención no está en manchar el nombre de la Iglesia, sino en proponer una respuesta. Gibney acentúa la injusticia a la que se enfrentan las víctimas y resalta la impunidad que se presenta en la mayoría de los casos. Intenta persuadir a la Iglesia Católica de bajarse del pedestal que los milenios han construido y mostrarse como una organización formada por humanos.

En el cuarto episodio, Morgan Freeman examina cómo las diferentes religiones ven la creación del mundo, llevándole a un viaje desde el Vaticano al Cairo y a las junglas de Guatemala.