Putin y Stone tocan temáticas relacionadas con los conflictos en Siria y Ucrania, las elecciones presidenciales de Estados Unidos de 2016 o la relación del mandatario ruso con antiguos presidentes estadounidenses como Bill Clinton, George W. Bush y Barak Obama.

Es un documental desestabilizador que desafía el discurso estadounidense y le pide al espectador que se involucre en una conversación sobre unos temas resbaladizos. Como conversación que cubre un amplio periodo de la historia, cultura y política rusa refractada a través de la mente del presidente de Rusia, es a menudo notable.

En el segundo capítulo, la desastrosa guerra entre rusos y japoneses provoca mucho descontento, hasta llegar a una insurrección civil. El príncipe Alexei es diagnosticado de hemofilia. La desesperación de la Zarina ante las pocas esperanzas de curación le hace buscar la ayuda del místico siberiano Rasputín.

Los Romanov llevan una vida de lujos mientras las fuerzas del zar reprimen violentamente las protestas de un pueblo que vive con privaciones. Rasputín goza cada vez de más influencia, sin importar los rumores y los escándalos. Mucha gente piensa que el primer ministro Peter Stolypin como reformador en jefe es la última esperanza de la dinastía Romanov. Él está horrorizado por la creciente influencia de Rasputín. La lucha entre ambos es una batalla por influir en Nicolás II. Pero Stolypin es asesinado por un disparo en la ópera de Kiev en 1911.

El fracaso de las reformas y el incremento de la agitación política provocan que la posición del zar Nicolás II sea más precaria. En 1914, Rusia entra en la Primera Guerra Mundial en defensa de sus aliados en Serbia. La impopularidad preexistente del régimen se agrava por los crecientes costes bélicos y los rumores de corrupción. Los reveses de la guerra hacen que Nicolás II marche al frente. En Rusia, la indignación aumenta por el número de víctimas y las intrigas políticas de Alexandra Romanov y Rasputín.