El humorista político y autor Bill Maher viaja alrededor del globo entrevistando a gente sobre Dios y la religión. Conocido por su fino análisis e impertubabilidad, Maher nos lleva con su característica honestidad hacia un insólito viaje espiritual.
Musulmanes, judíos y cristianos de muchas clases pararán por su análisis. Maher irá a un museo creacionista de Kentucky que muestra que los dinosaurios convivieron con la gente hace 5.000 años. Hablará con un rabino que disputa con negacionistas del Holocausto, con un músico musulmán que predica el odio contra Israel y encontrará a los creyentes más improbables. Y, en cierto sacerdote del Vaticano, encontrará a un inesperado escéptico.

Una fosa común en Zultepec, México, con más de 400 esqueletos mutilados obliga a los arqueólogos a replantearse los relatos comunes de la conquista española. Dirigida por la especialista en aztecas Elizabeth Baquedano, la investigación sigue las pistas forenses ocultas en cráneos, huesos y objetos para identificar a las víctimas y reconstruir lo ocurrido. Algunos restos resultan ser europeos, entre ellos mujeres, mientras objetos de hierro de fabricación española y evidencias de caballos vinculan directamente a los muertos con los conquistadores que penetraron en México a comienzos del siglo XVI.
Las pruebas revelan un enfrentamiento mucho más violento de lo que sugiere la imagen tradicional de una conquista española fácil. Españoles capturados y miembros de su séquito parecen haber sido encarcelados, sacrificados ritualmente, descuartizados y, en algunos casos, consumidos dentro de ceremonias religiosas. Combinando arqueología, antropología forense y códices aztecas, el documental demuestra que la resistencia indígena frente a los conquistadores pudo ser organizada, eficaz y brutal, convirtiendo Zultepec en una prueba física decisiva de un conflicto que la historia había simplificado durante siglos.

El profesor de Física Nuclear Jim Al-Khalili explica como se descubrió que todo está hecho de átomos y cómo el descubrimiento afectó al mundo científico, las teorías de la energía atómica de Albert Einstein y la mecánica cuántica de Werner Heisenberg

El profesor Jim Al-Khalili continúa explicando el átomo y sus implicaciones en la radiactividad, la bomba atómica y la teoría del Big Bang, e incluso explica porqué estamos aquí y de qué estamos hechos. Muestra que, en la búsqueda para enterder el átomo, se revela el misterio de cómo el universo fue creado.

En el último capítulo de la serie, el profesor Jim Al-Khalili explora como estudiar al átomo nos fuerza a repensar la naturaleza de la realidad en sí misma. Que debe haber universos paralelos en los que existan diferentes versiones de nosotros mismos, que el vacío del espacio no está vacío completamente, y las implicaciones en nuestra percepción del universo y la realidad.