El documental cuenta la escalofriante historia de Abu Zubaydah, el primer detenido de alto valor sometido al programa de Técnicas del Interrogatorio Mejoradas (EIT), de La CIA, que más tarde fueron identificadas como tortura por personas ajenas a la agencia. Nunca acusado de un crimen o permitido de defenderse por su detención, Abu Zubaydah sigue encarcelado en la bahía de Guantánamo, en un limbo Kafkiano en contradicción directa de los propios ideales de la justicia y los procedimientos de Estados Unidos.
Veinte años después, el documental revela los orígenes de las operaciones clandestinas que llevaron a Estados Unidos, en la 'Guerra contra el Terror', por un camino de crueldad, mentira y autoengaño. Con nuevas revelaciones y un nivel de detalle hecho posible por varias demandas iniciadas por Gibney y el productor Ray Bonner contra La CIA, relatos de primera mano de los dos primeros interrogadores que interrogaron a Abu Zubaydah, los agentes del FBI Ali Soufan y Stephen Gaudin, una impactante entrevista con el contratista de la CIA James Mitchell, el arquitecto principal del programa de EIT, y una entrevista con Daniel Jones, ex investigador del Senado, el documental descubre las prácticas incompetentes y engañosas que siguió el gobierno de los Estados Unidos para acelerar y legalizar este programa después del 11 de septiembre. Como resultado, la tortura como política gubernamental fue autorizada por los Estados Unidos por primera vez en la historia.

Las imágenes de los hermanos Tamerlan y Dzhokhar Tsarnaev se hacen públicas y desencadenan una violenta cadena de acontecimientos. Mientras tanto, las pistas de su pasado cuentan una historia complicada: cómo fue la radicalización de los hermanos, de etnia chechena, y la existencia de posibles colaboradores. Los prejuicios posteriores al 11-S influyeron en la investigación.

Tony Accardo recibe una llamada de Joseph P. Kennedy pidiendo que la mafia use su poder con los sindicatos para ayudar a que su hijo John F. Kennedy gane las elecciones presidenciales. A cambio, le ofrece terminar con las investigaciones de su hijo Robert F. Kennedy sobre la organización. Esta ayuda resultó ser vital para su elección. Pocas semanas después de jurar el cargo, JFK nombra a su hermano fiscal general. Para la sorpresa de la mafia, expone que su prioridad será acabar con el crimen organizado. Solo unas semanas después el presidente Kennedy es asesinado, el fiscal general depuesto y las investigaciones cesan. El gobierno empieza una investigación sobre el asesinato, y corren rumores de que la mafia podría haber estado involucrada.

Esta serie documental destapa los escándalos de avaricia y crimen en el mundo de los negocios. El cineasta Alex Gibney nos cuenta historias de fraudes, contabilidad creativa y corrupción corporativa, con testimonios de los perpetradores y también de sus víctimas.
En el primer episodio descubriremos como los coches con 'diésel limpio' de Volkswagen parecían un milagro para los conductores preocupados por su huella de carbono, hasta que un fraude colosal salió a la luz.

La serie muestra lo que ocurrió en 1993 en Waco, Texas, cuando David Koresh, el líder de la secta de los Davidianos de la Rama, se enfrentó al gobierno federal en un asedio de 51 días. En el primer episodio, veremos como estalla un primer tiroteo cuando los agentes federales llegan al complejo de la Rama Davidiana con una orden de registro. Más tarde, los negociadores de rehenes intentan sacar a los niños del recinto.
David Koresh había llegado a dirigir su secta a través del matrimonio con Rachel Jones (14 años), hija de uno de los dirigentes de la misma y al que arrinconó enseguida, sustituyéndolo en la cima jerárquica. De todas partes llegaban nuevos adeptos ganados por la persuasiva doctrina de un Koresh que había efectuado compras de armas por valor de más de 250.000 dólares, según él para estar preparados llegado el momento del acoso del «Mal» y se dispuso a convertir en un fortín inexpugnable el rancho Monte Carmelo. Las autoridades acusaron a los davidianos de tenencia masiva de armas y de abusos sexuales con los niños que mantenían a su lado. Recibidos a tiros, los agentes contestaron de igual manera, produciéndose entonces un primer balance de cuatro agentes muertos y una decena de sectarios abatidos, entre ellos el propio David Koresh, herido en el costado izquierdo.