La curiosidad por el hombre que se autodenomina mesías convierte a Waco en el centro de un circo mediático. Los equipos de negociación y rescate del FBI discuten sobre el uso o no de la fuerza. El equipo negociador establece contacto con Koresh dentro del recinto.
La comunicación durante los 51 días siguientes incluyó intercambios telefónicos con varios negociadores del FBI. El propio Koresh había resultado gravemente herido por un disparo. A medida que el enfrentamiento continuaba, él y sus colaboradores más cercanos negociaban retrasos para poder redactar los documentos religiosos que, según él, necesitaba completar antes de su rendición. Las conversaciones de Koresh con los negociadores eran tensas y también incluían temas bíblicos. Los negociadores del FBI trataron la situación como una crisis de rehenes.

Bonnie y Marshall - 'Ti' y 'Do' vuelven a grabar sus lecciones para enseñar a sus seguidores como transcender, y se establecen unas reglas bastante estrictas. El cambio de nombre para los miembros, el corte de pelo y el estilo de vestir se cambian para tomar un aspecto andrógino.
Cuando le diagnostican un cáncer a 'Ti', la dinámica del grupo cambia. Después de la muerte de 'Ti' por cáncer en 1985, un afligido 'Do' permite brevemente a los miembros visitar a sus familias. Cuando los miembros regresan, 'Do' se vuelve más controlador.

El cometa Hale-Bopp se aproxima a la Tierra y los rumores de un misterioso objeto siguiendo al cometa podría significar la señal que la comunidad de Heaven’s Gate podría estar buscando. Con los planes para la Salida, los miembros del grupo empiezan a despedirse del mundo. Su plan de cometer un suicidio masivo permanece sin detectar. Los antiguos miembros, sus familiares y los expertos reflexionan sobre el legado de Heaven's Gate.

El mensaje del grupo comienza a cambiar y la mentalidad e identidad del grupo es puesta a prueba. Con más reglas y aislamientos, los miembros más antiguos del grupo empiezan a cuestionar o a abandonar. Sin estar permitido el sexo, Dick Joslyn se convierte en un problema para ‘Do’, conduciendo a nuevas solicitudes para el grupo.
Con números de miembros en mengua, el grupo necesita un nuevo impulso. La ‘Salida’ empieza a ser discutida cuando el cometa Hale-Bopp se acerca.

Las autoridades locales intentan reunir pruebas para acusar a los rajnísh. La oficina de inmigración termina concediendo visado de residencia a Bhagwan como maestro y dirigente religioso. Cuando la sed de poder de Sheela la lleva a cometer intentos de asesinato que salen a la luz, Bhagwan rompe su silencio.